Au-delà de trois mois d’arrêt maladie, votre fiche de paie ne ressemble plus à celle d’avant. Fin possible du complément de salaire côté employeur, indemnités journalières (IJ) qui n’augmentent plus quand les salaires progressent, démarches administratives à anticiper… La chute de revenus peut dépasser 40 %. Ce guide détaille, étape par étape, ce qui change après le 90e jour, les droits que vous conservez, les écueils à éviter et les solutions pour limiter la casse.
Pourquoi le cap des 3 mois change tout ?
Durant les trois premiers mois, deux sources de revenu se complètent : les IJ de la Sécurité sociale et, sous conditions, le maintien de salaire assuré par l’employeur. Passé ce délai :
- l’employeur n’a plus d’obligation légale de compléter vos IJ, sauf accord de branche ou contrat de prévoyance ;
- les IJ ne suivent plus les hausses générales de salaire (décret 2020) ;
- vos revenus peuvent tomber à environ 50 % du salaire brut de référence.
Sans filet supplémentaire, le pouvoir d’achat s’effondre.
Le socle : l’indemnité journalière de la Sécurité sociale
La Sécurité sociale intervient dès le 4e jour d’arrêt (sauf exceptions) :
- Montant : 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 41,47 € bruts par jour en 2025.
- Carence : 3 jours, supprimée en cas d’accident du travail, de maladie professionnelle ou d’affection longue durée (ALD).
- Revalorisation : gelée à partir du 91e jour, même si l’entreprise augmente les salaires.
- Durée maximale : 360 IJ sur 3 ans (ou 3 ans d’affilée pour une ALD).
Maintien de salaire par l’employeur : jusqu’où ?
L’article L.1226-1 du Code du travail impose un complément si :
- vous avez au moins un an d’ancienneté ;
- l’arrêt est transmis sous 48 h ;
- aucune sanction disciplinaire n’est en cours pour absence injustifiée.
Après une carence patronale de 7 jours, le barème de base s’applique :
- 90 % du brut pendant 30 jours ;
- 66,66 % les 30 jours suivants.
La durée totale (60 à 180 jours sur 12 mois) varie avec l’ancienneté. Mais au-delà de 90 jours, plus de garantie légale : tout dépend de votre convention collective ou de votre contrat de prévoyance.
Combien allez-vous réellement toucher après 90 jours ?
Exemple (source : Avocat Jalain) pour un salaire brut de 2 000 € :
| Période | Revenu net estimé | Perte vs salaire net initial |
|---|---|---|
| Jours 1-30 | ≈ 1 703 € (IJ + complément 90 %) | – 15 % |
| Jours 31-60 | ≈ 1 503 € (IJ + complément 66 %) | – 25 % |
| À partir du 91e jour | ≈ 840 € (IJ seules) | – 45 % |
En clair : le passage des 3 mois fait tomber le revenu net de 1 500-1 700 € à moins de 850 €.
Arrêt supérieur à 6 mois : quelles conditions et quels droits ?
Au-delà de 6 mois d’arrêt, de nouvelles règles s’ajoutent :
- Accord du médecin-conseil de l’Assurance maladie obligatoire pour toute prolongation.
- Avoir 12 mois d’affiliation et soit 600 h travaillées, soit un revenu soumis à cotisation équivalent à 2 030 SMIC horaires sur 12 mois.
- En ALD, une seule carence de 3 jours sur 3 ans ; les IJ peuvent durer jusqu’à 3 ans.
Fin des IJ : pension d’invalidité ou reprise aménagée
Quand la limite des 3 ans d’IJ est atteinte (ou plus tôt si votre capacité de travail est jugée insuffisante) :
- Pension d’invalidité : 30 % (cat. 1) à 50 % (cat. 2) du revenu moyen antérieur, cumulable avec un temps partiel.
- Temps partiel thérapeutique : reprise progressive avec maintien partiel des IJ pour compenser la baisse de salaire.
Comment limiter la perte de salaire ? 5 leviers à explorer
- Convention collective : certaines (SYNTEC, Métallurgie…) portent le maintien à 100 % le 1er mois puis 80 % les deux suivants.
- Prévoyance d’entreprise : souvent obligatoire et financée au moins à 50 % par l’employeur ; elle peut garantir 70-100 % du net après 90 jours.
- Subrogation : l’employeur perçoit les IJ et vous verse un salaire lissé, évitant les à-coups de trésorerie.
- Prévoyance individuelle : utile si vous n’êtes pas couvert ou si votre salaire dépasse le plafond Sécurité sociale.
- Entretien de maintien dans l’emploi : possible dès 30 jours d’absence ; il peut déboucher sur un aménagement de poste ou une formation.
Tableau récapitulatif : revenu net projeté
| Durée d’arrêt | Scénario minimal (IJ seules) | Complément légal | Prévoyance 80 % |
|---|---|---|---|
| 0-7 jours | 0 € (carence Sécu) | 0 € | 0 € |
| 8-30 jours | ≈ 840 € | ≈ 1 700 € | ≈ 1 600 € |
| 31-60 jours | ≈ 840 € | ≈ 1 500 € | ≈ 1 600 € |
| 91 jours et + | ≈ 840 € | ≈ 840 € | ≈ 1 280 € |
Checklist express avant le 90e jour
- ✅ Relire votre convention collective et la notice de prévoyance.
- ✅ Vérifier si l’employeur pratique la subrogation (sinon, prévoir une trésorerie tampon).
- ✅ Prendre rendez-vous à la médecine du travail pour un éventuel temps partiel thérapeutique.
- ✅ Mettre à jour votre dossier médical à destination du médecin-conseil (arrêt > 6 mois).
- ✅ Simuler vos revenus avec et sans prévoyance.
FAQ éclair
Les primes variables et le 13e mois sont-ils maintenus ?
Non, sauf accord collectif ou usage. La loi ne les intègre pas dans le maintien de salaire obligatoire.
Puis-je cumuler pension d’invalidité et salaire ?
Oui, dans la limite de votre salaire antérieur ; au-delà, la pension peut être réduite.
Une ALD supprime-t-elle totalement la carence ?
Oui, après le premier arrêt. Un seul délai de carence de 3 jours est appliqué sur 3 ans.
En résumé : l’expression « arrêt maladie de plus de 3 mois perte de salaire » fait souvent peur. Connaître le fonctionnement des IJ, du complément employeur et des contrats de prévoyance permet de transformer ce passage obligé en étape financièrement maîtrisée.